Revue de presse
Plongée en eau profonde dans le bassin génétique
L'Université de Tel Aviv (TAU) développe des logiciels innovants pour analyser et manipuler les cellules malades.
Il y a dix ans, la découverte des microARN (minuscules molécules cellulaires qui régulent notre code génétique) a débloqué d'importantes possibilités scientifiques, permettant notamment une meilleure compréhension des maladies humaines. Une nouvelle technologie d'analyse dite "séquençage en profondeur", donne aux scientifiques la possibilité de découvrir de précieuses informations sur les maladies humaines au niveau génétique. Aujourd'hui, les chercheurs de TAU développent une technologie de pointe pour mieux analyser les microARN.
Le logiciel, appelé miRNAkey, a été développé par Roy Ronen au sein d'une équipe de chercheurs dirigée par le Dr. Noam Shomron de la Faculté de médecine Sackler. Dr Shomron explique que miRNAkey recherche des motifs de microARN dans les tissus sains et les tissus malades, améliorant ainsi la compréhension scientifique des données recueillies par le séquençage en profondeur. Ce logiciel a été récemment présenté dans le journal bioinformatique.
Donner du sens aux motifs de microARN
Le séquençage en profondeur est utilisé pour déterminer la séquence finale et l'expression cellulaire de l'ADN ou de l'ARN. Une fois ces molécules extraites, les scientifiques doivent décrypter les précieuses informations fournies : l'ensemble de la séquence du génome humain, l'expression des gènes du génome et des molécules, telles que les microARN. En bref, il permet aux biologistes de voir plus loin dans la génétique humaine et de déterminer où et quand des dysfonctionnements génétiques peuvent se produire.
Jusqu'à présent, il y avait très peu de programmes qui pouvaient interpréter des informations sur les microARN, et aucun qui puisse fonctionner sur un ordinateur de base ou expliquer des comportements ambigus de certain microARN. La solution est le programme miRNAkey, dit le Dr Shomron. Il est conçu pour identifier les microARN pertinents, déterminer leur niveau d'expression, puis générer des informations statistiques.
"Une telle identification des microARN nous permet de les manipuler", explique le Dr Shomron. Un exemple de cette manipulation est l'altération potentielle des tumeurs malignes. Le Dr Shomron et son équipe ont pu identifier les microARN pertinents dans une forme agressive d'un cancer. Ils ont ensuite inséré la forme non agressive de ces microARN dans les cellules malades. Dans un modèle animal, le résultat est un ralentissement significatif de la croissance tumorale.
Résultats à l'écran
Avec ce logiciel, dit le Dr Shomron, les données obtenues à partir du séquençage en profondeur peuvent être rapidement et correctement analysées, permettant aux scientifiques d'observer en détail le comportement des maladies et de potentiellement trouver des traitements. Elles peuvent également encourager la création de "smart drugs", qui ciblent individuellement les cellules endommagées.
Avec une interface conviviale, miRNAkey peut être utilisé sur n'importe quel ordinateur parallèlement à la technologie de séquençage en profondeur. De plus, des caractéristiques uniques, telles que des données statistiques et des rapports détaillés, fournissent des informations précieuses sur les microARN extraits.
Source : http://www2.tau.ac.il/news/engnew.
D'après la VI Chercheuse Annelyse THEVENIN
